มีคราบต่างๆที่สามารถใช้ในการมองเห็นและถ่ายภาพ ดีเอ็นเอ หลังจากที่วัสดุถูกแยกด้วยอิเลคโตรโฟเรซิสเจล ในหลายทางเลือกห้าสายพันธุ์เหล่านี้เป็นจุดเริ่มต้นที่พบได้บ่อยที่สุดด้วย Ethidium bromide ซึ่งเป็นที่นิยมใช้กันมากที่สุด เมื่อทำงานกับขั้นตอนนี้สิ่งสำคัญคือต้องไม่เพียง แต่รู้ถึงความแตกต่างระหว่างสายพันธุ์ แต่ความเสี่ยงต่อสุขภาพโดยธรรมชาติ
01 Ethidium Bromide
Ethidium bromide เป็นสารย้อมสีที่รู้จักกันดีที่สุดในการสร้างภาพ DNA ย้อมสีนี้สามารถนำมาใช้ในการผสมเจลใน บัฟเฟอร์ electrophoresis หรือคราบเจลหลังจากที่มันถูกเรียกใช้ โมเลกุลของสีย้อมติดอยู่กับเส้นใยดีเอ็นเอและเรืองแสงภายใต้แสงยูวีแสดงให้เห็นว่าแถบที่อยู่ภายในเจลอยู่ที่ไหน แม้ข้อดีของมันคือข้อเสียคือ ethidium bromide เป็นสารก่อมะเร็งที่มีศักยภาพดังนั้นจึงต้องได้รับการดูแลเป็นอย่างดี เนื่องจากความเสี่ยงด้านสุขภาพที่อาจเกิดขึ้นจากการทำงานร่วมกับเจลนี้พบว่ามีทางเลือกอื่น 02 SYBR Gold
สีย้อม SYBR Gold สามารถใช้ในการย้อมสี DNA แบบ double หรือ single-stranded หรือทำให้เกิดคราบ RNA ได้ SYBR Gold เป็นหนึ่งในทางเลือกแรกที่ใช้ ethidium bromide ในการเข้าสู่ตลาดและมีความรู้สึกไวกว่า ethidium bromide สีย้อมมีการเรอร์ฟลูออเรสเซนต์ยูวีสูงกว่า 1000 เท่าเมื่อมันถูกผูกไว้กับกรดนิวคลีอิก จากนั้นจะแทรกซึม agarose agarose agarose ที่มีความหนาและสูงและสามารถใช้ในฟอร์มาลดีไฮด์เจล เนื่องจากการเรืองแสงของโมเลกุลที่หลงเหลืออยู่ในระดับต่ำดังนั้นจึงไม่ต้องใช้การกำจัด Probes โมเลกุลผู้ถือใบอนุญาตมี (ตั้งแต่การเปิดตัว SYBR Gold) ได้พัฒนาและทำตลาด SYBR Safe และ SYBR Green ซึ่งเป็นทางเลือกที่ปลอดภัยกว่า ethidium bromide
03 SYBR สีเขียว
คราบคราบสีเขียว I และ II ของ SYBR Green (อีกครั้งโดย Molecular Probes) นำมาใช้เพื่อวัตถุประสงค์ที่แตกต่างกัน เนื่องจากพวกเขาผูกมัดกับดีเอ็นเอพวกเขาจะยังคงถือว่าเป็น mutagens ที่มีศักยภาพและด้วยเหตุนี้พวกเขาควรได้รับการดูแลเป็นอย่างดี SYBR Green I มีความไวต่อการใช้งานกับดีเอ็นเอแบบคู่ขนานในขณะที่ SYBR Green II เป็นอีกทางเลือกหนึ่งสำหรับการใช้ดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอแบบเดียว เช่นเดียวกับคราบอีธิเดียมโบรไมด์ที่เป็นที่นิยมคราบรังสี UV ที่มีความไวสูงเหล่านี้ 04 SYBR Safe
SYBR Safe ถูกออกแบบมาเพื่อเป็นทางเลือกที่ปลอดภัยกว่า Ethidium Bromide และคราบ SYBR อื่น ๆ ไม่ถือว่าเป็นของเสียอันตรายและโดยทั่วไปสามารถทิ้งผ่านระบบท่อระบายน้ำแบบปกติได้ (เช่นท่อระบายน้ำ) เพราะการทดสอบความเป็นพิษระบุว่าไม่มีความเป็นพิษเฉียบพลัน การทดสอบยังบ่งชี้ว่ามีความเป็นพิษต่อยีนน้อยมากหรือไม่มีเลยในเซลล์ตัวอ่อนซีเรียแฮมสเตอร์ (SHE) เซลล์เม็ดเลือดขาวของมนุษย์เซลล์มะเร็งต่อมน้ำเหลืองและในการทดสอบ AMES รอยเปื้อนสามารถใช้กับ transilluminator แสงสีฟ้าซึ่งทำให้เกิดความเสียหายน้อยลงในดีเอ็นเอที่ถูกมองเห็นและมีประสิทธิภาพที่ดีขึ้นสำหรับการโคลนนิ่งในภายหลัง 05 Eva Green
อีวากรีนเป็นสีย้อมเรืองแสงสีเขียวที่ได้รับการค้นพบเพื่อยับยั้ง PCR ในระดับน้อยกว่าสีย้อมอื่น ๆ นี้ทำให้มันมีประโยชน์มากสำหรับการใช้งานเช่นปริมาณเรียลไทม์ PCR นอกจากนี้ยังเป็นทางเลือกที่ดีหากคุณใช้เจลละลายจุดต่ำเพื่อการกู้คืนดีเอ็นเอ มันมีความเสถียรมากที่อุณหภูมิสูงและมีการเรืองแสงที่ต่ำมากในตัวเอง แต่จะมีการเรืองแสงสูงเมื่อถูกผูกไว้กับดีเอ็นเอ อีวากรีนยังแสดงให้เห็นว่ามีฤทธิ์เป็นพิษหรือมีฤทธิ์กัดกร่อนต่ำมากหรือไม่มีเลย