อย่างไรก็ตามการ เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ จะก่อให้เกิดปัญหาและความกังวลที่ต้องแก้ไขโดยเฉพาะอย่างยิ่งหากมีการพิจารณาเข้าร่วมในอุตสาหกรรมนี้
ปัญหาต่างๆที่มีการเพาะเลี้ยงสัตว์เลี้ยง
ต่อไปนี้เป็นปัญหาทั่วไปที่เกี่ยวข้องกับการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ 5 ประการ
สภาพแวดล้อม: เช่นเดียวกับพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำขนาดยักษ์ฟาร์มเลี้ยงสัตว์บนบกอาศัยอยู่ในถังบรรจุน้ำสกปรกที่ต้องมีการเปลี่ยนแปลง ขึ้นอยู่กับการติดตั้งระบบนี้อาจส่งผลให้มีการปล่อยน้ำเสียที่มีอยู่จำนวนมากซึ่งประกอบด้วยอุจจาระสารอาหารและสารเคมีที่ปล่อยออกสู่สิ่งแวดล้อม การปลดปล่อยสารนี้อาจส่งผลให้สาหร่ายบุปผาซึ่งในที่สุดจะเอาออกซิเจนที่ละลายในท่อระบายน้ำที่ได้รับหรือ eutrophication ปริมาณออกซิเจนที่เป็นศูนย์ส่งผลให้ฆ่าปลาตาย
นอกจากนี้สารเคมีเช่นยาปฏิชีวนะและสารบำบัดน้ำใช้ในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและระบบเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำต้องปิดสนิทหรือบำบัดน้ำทิ้งก่อนปล่อย
โรค: การ เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำสามารถแพร่เชื้อปรสิตและโรคลงไปในป่าได้ เช่นเดียวกับหีบห่อไก่ในเชิงพาณิชย์จะต้องสะอาดและเป็นที่รู้จักสำหรับการแพร่กระจายของโรคปลาที่เลี้ยงและหอยอาจอยู่ในสถานการณ์เดียวกัน
นอกจากนี้ปลาที่เลี้ยงในฟาร์มมีโอกาสเพิ่มขึ้นในการรับปรสิตเช่นเหาทะยางค์ในทางตรงกันข้ามกับปลาที่อาศัยอยู่และผสมพันธุ์ในสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติ
ปลาที่เลี้ยงในฟาร์มยังต้องเผชิญกับโรคโดยการใช้ปลาที่ยังไม่ได้ใช้เป็นแหล่งอาหารในทางตรงกันข้ามกับปลาจากกระบวนการผลิตที่ปลอดภัยกว่า
Escapees: การ เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเป็นหนึ่งในสาเหตุที่ใหญ่ที่สุดสำหรับการเกิดสิ่งแปลกปลอมเข้าสู่พื้นที่ใหม่ ๆ ซึ่งก่อให้เกิดสิ่งมีชีวิตที่รุกรานภายใต้สภาวะที่เหมาะสม
ปลาที่เลี้ยงในฟาร์มสามารถหลบหนีจากปากกาของพวกมันทำให้ทั้งสภาพแวดล้อมและประชากรปลาที่คุกคาม
เป็นผลให้ปลาที่เลี้ยงในฟาร์มสามารถแข่งขันเพื่อหาอาหารและแหล่งที่อยู่อาศัยใช้ทดแทนพันธุ์พื้นเมืองและแทรกแซงชีวิตสัตว์ป่า พวกเขายังสามารถนำโรคและปรสิตที่อาจฆ่าสายพันธุ์พื้นเมือง นอกจากนี้ปลาที่เลี้ยงปลาที่หนีได้สามารถผสมพันธุ์กับสต็อกป่าซึ่งสามารถเจือจางยีนของยีนและยับยั้งการอยู่รอดและวิวัฒนาการของพันธุ์ป่าได้ในระยะยาว
ผลกระทบรอง: เนื่องจากปลาที่เลี้ยงในฟาร์มจำเป็นต้องมีแหล่งอาหารสัตว์ชนิดอื่นจึงมีความเสี่ยงที่จะถูกจับต้องเพื่อผลิตอาหารปลา เนื่องจากปลาที่เลี้ยงในฟาร์มส่วนใหญ่เป็นสัตว์กินเนื้อเป็นอาหารกินปลาทั้งตัวหรือปลาที่ทำจากปลา ชนิดเช่นปลาทู, ปลาชนิดหนึ่งและปลาไวทิงถูกคุกคามเนื่องจากความจำเป็นในการสร้างอาหารสำหรับสายพันธุ์ที่เลี้ยง
ผลกระทบจากการก่อสร้าง: ทั้งสัตว์บกและสัตว์น้ำอาจสูญเสียแหล่งที่อยู่อาศัยของพวกเขาผ่านการสร้างสิ่งอำนวยความสะดวกด้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำตามแนวชายฝั่งซึ่งสามารถเข้าถึงน้ำสะอาดและแหล่งน้ำตามธรรมชาติได้ ในตัวอย่างที่มีชื่อเสียงในเอเชียและลาตินอเมริกาป่าชายเลนได้รับการล้างเพื่อให้มีพื้นที่สำหรับฟาร์มเลี้ยงกุ้ง